Az üzemanyagcellás technológia elterjedtségben komoly lemaradással követi a villanyautókat, a kósza hidrogénes személyautókon kívül azonban ipari alkalmazására még van esély, hajókban és különböző áramfejlesztő megoldásokban is szerepe lehet. Néhány tanulmány azonban olyan, a hidrogénben lappangó veszélyre hívja fel a figyelmet, ami túlmutat a gyenge energiahatékonysági mutatókon és a H2 előállítását illető kritikákon.
Az idézett tanulmányok szerint azok a tartályok, amelyek nagy nyomáson tárolják a gázt, naponta 0,12-0,24 százalék hidrogént veszítenek, míg a kriogenikus, cseppfolyós állapotú hidrogént tároló tartályokból napi egy százaléknyi gáz is elszökhet. Ezeken felül további veszteségekkel is kell számolni az elállítástól kezdve, a szállításon át egészen a végfelhasználókig. Ez azért jelent problémát, mert 100 éves időintervallumban vizsgálva a globális felmelegedés szempontjából tizenegyszer rosszabb a hidrogén, mint az azonos mennyiségű széndioxoid, mivel a különféle légköri gázokkal reakcióba lépve, közvetve megsokszorozza az üvegházhatást.
Ezek a folyamatok főleg a magaslégkörben történnek, ahol épp azokkal az anyagokkal lép reakcióba a hidrogén, amelyek a szintén erős üvegházhatású metánt semlegesítik. Emellett a sztratoszférában található ózon és a vízgőz koncentrációját is segíti növelni, ez pedig még tovább fokozza a negatív hatást. Ezzel együtt a tanulmány arra jut, hogy a legrosszabb esetben 10 százalékra rúgó szivárgással számolva is négy százalékos széndioxid-megtakarítást lehet elérni a hidrogénnel, feltéve, hogy az előállítása csak kevés fosszilis anyag segítségével történik.